学校前身是美英基督教教会于1906年共同创办的协和医学堂。1912年,改称协和医学校。1917年,成立北京协和医学院。1919年,改名北京协和医科大学。1929年,更名私立北平协和医学院。1951年1月,学校由中央人民政府教育部和卫生部接管,且改名为中国协和医学院。历经传承与发展,学校先后更名为中国医科大学、中国首都医科大学和中国协和医科大学。2006年定名北京协和医学院。
北京协和医学院非常难考,因为它每年面对全国只招几十个人,而且是八年本硕博连读,所以要求就更高,虽然它不是211-985学校,但是它却比这类学校更具有含金量。