在临床方面,清华大学华信医院、清华大学玉泉医院、北京清华长庚医院是学院的附属医院,中国人民解放军总医院(301医院)、北京医院、中日友好医院、北京积水潭医院和北京神经外科研究所(天坛医院神经外科)是学院的教学医院。2016年12月,医学院下成立临床医学院,将进一步整合基础和临床教学资源,提升临床医学博士培养质量,建设住院医师、专科医师规范化培训基地。
医学院现有专职教师83人,其中教研系列56人,教学系列8人,研究系列19人。教师队伍中,诺贝尔奖获得者1人,中国科学院院士2人,中国工程院院士1人,万人计划--领军人才1 ,万人计划--青年拔尖人才1人,国家杰出青年基金获得者6人,国家优秀青年科学基金6人。