学院始建于1948年,其前身为闻名全国的黑龙江省佳木斯农业学校。2001年3月,经黑龙江省人民政府批准,晋升为黑龙江农业职业技术学院。2006年,在教育部高职高专院校人才培养工作水平评估中被评为优秀学校。2011年被黑龙江省教育厅确定为“黑龙江省骨干高等职业院校建设项目立项院校”。
学院校区占地面积640亩,建筑面积22.4万平方米;教学资产总值逾2.3亿元,馆藏图书40多万册,学院现有教职工428人,教授44人,副教授94人,“双师型”教师103人,设有12个教学院(部),拥有涵盖理、工、农、经、建等学科门类的43专科专业;在校学生6016人。