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投档原则不同。平行志愿的投档原则为“分数优先，遵循志愿”；顺序志愿则是根据“志愿优先，按分排序”。平行志愿指考生所选A、B、C、D等志愿，他们之间是平行关系。将达到批次录取最低控制分数线的考生，按考生成绩从高分到低分的顺序，由计算机对每个考生所填报的平行院校志愿，依次检索。
对于考生来说，平行志愿的好处就是扩大了选择范围，降低了志愿填报的难度，同时也提高了高校的录取率。而顺序志愿则在最大限度上保证了公平性，就是按照志愿+分数投档，一目了然。
平行志愿的弊端就是它依旧存在风险，一旦被退档，就只能填报征集志愿或是参加下一批次的志愿了。而顺序志愿的弊端则是考生是否被录取，不完全取决于考试成绩，还要取决于其他与自己分数相仿的考生的志愿，因为一旦考生志愿扎堆，学校的提档线就会提高，所以考生的录取就会存在一定的偶然性。