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有。平行志愿下，专业志愿当然也有顺序关系。高考的录取一般是分为两步的。第一步是被院校预录取。当考生的分数达到了某院校的投档线，就会被院校预录取。接着就是第二步，被专业录取。专业录取遵循的是专业优先原则。
举个例子，考生报了6个专业志愿，计算机会对考生所报的ABCDEF六个专业志愿，逐个进行检索。这个过程和院校志愿的录取过程是一样的。按照顺序，先检索A志愿，如果A志愿达到了专业分数，考生就会被院校的A专业志愿录取。如果没有达到A志愿的分数，计算机就会继续依次检索B志愿，C志愿，达到哪个志愿的分数，就会被哪个专业录取。排在前面的最先被检索，录取。排在后面的，只能等前面的办理完毕，才会被轮到。
这个过程是按顺序关系进行的。所以说，考生最想报哪个专业，就要把哪个专业放在最前面，然后依据喜欢度，逐次递减。因此，专业填报，也是讲先后顺序的，不可随意填写，最好按喜欢次序来填报。