戊戌变法失败的标志是慈禧太后发动戊戌政变。戊戌变法因损害到以慈禧太后为首的守旧派的利益所以遭到强烈抵制与反对,1898年9月21日慈禧太后等发动戊戌政变,光绪帝被囚至中南海瀛台,维新派的康有为、梁启超分别逃往法国、日本,谭嗣同、康广仁、林旭、杨深秀、杨锐、刘光第共6君子被杀,历时103天的变法失败。
其一,守旧派势力强大,当时国家的最高领导权不在光绪皇帝手中,而为以西太后为首的王公、大臣所掌握。维新派只有少数几个人,没有实权。西太后最初曾指示“今宜专讲西学”,
但是,当她感到变法触及到她自己的权力和清廷王公贵族的利益时,就动手遏制、镇压。
其二,维新派缺乏正确的理论指导。康有为的《新学伪经考》指责西汉的古文经书全系刘歆伪造,《孔子改制考》将孔子打扮为“改制立法”的祖师爷。两书都没有充分的、有说服力的证据,不用说守旧派反对,当时的一些开明人士也不赞成。此外,维新派某些激进的宣传,也增加了社会阻力。
其三,维新派缺乏坚强的组织领导,脱离广大人民群众,只寄希望于没有实权的皇帝和极少数的官僚,甚至对帝国主义抱有不切实际的幻想。