学院溯源于1958年建校的北京市农业学校;2001年6月,北京市农业学校和北京市农业管理干部学院合并组建北京农业职业学院;2008年7月,被确定为第三批国家示范性高等职业院校建设单位。
学院校中有场,场中有园,校内实践场所占地约743亩。建有彩色苗木繁育中心、植物病虫害综合防治中心、教学动物医院、种禽繁育中心、食品安全检测中心等34个综合性校内实训基地、183个实验室,涉农专业80%以上的生产性实践教学可在校内完成;连同242个校外紧密型实训基地,为有效实现工学结合的人才培养提供了有力保障,毕业生就业率连续十年达到98%以上。