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福建师范大学拥有国家重点学科1个、省高峰学科9个、高原学科13个,博士后科研流动站18个,博士学位授权一级学科21个,硕士学位授权一级学科34个,硕士专业学位类别19个。化学、工程学、材料科学、计算机科学等4个学科进入ESI全球排名前1%。在教育部第四轮全国高校学科评估中,有3个学科进入A类、12个学科进入B类,A类学科数、AB类学科数均位居福建省属高校第1位,A类学科数并列全国高校第45位。
学校拥有国家级重点实验室培育基地、国家地方联合工程研究中心、国家级“2011”协同创新中心(核心协同单位之一)3个,教育部重点实验室、工程研究中心、人文社科重点研究基地等部省级科研平台95个。