石河子大学历史渊源可追溯至1949年中国人民解放军第一野战军创建的第一兵团卫生学校。1996年经教育部批准,隶属农业部的原石河子医学院、石河子农学院、兵团师范专科学校、兵团经济专科学校合并组建石河子大学,所属划归新疆生产建设兵团。
截至2021年1月21日,学校校园面积179.4万平方米,校舍面积126.1万平方米,绿化覆盖率41%;设有20个学院,4个附属医院;开设94个本科专业;有4个博士后科研流动站、2个博士后科研工作站、8个一级学科博士点、26个一级学科硕士点、20个专业学位硕士点;有国家一流建设学科1个、国家重点学科1个、国家重点培育学科1个;有教职工2605人;有在校生41840人,其中普通本科生22532人,普通专科生1461人,硕士、博士研究生5575人。