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基本没有坏处。报考国家专项计划，不仅没有不利影响，还比城市户口的考生多一次录取机会。国家专项招生是单独录取批次，被录取了，固然是件好事。即使没有被录取，也不影响其他正常批次的录取。是国家照顾性政策，比其他人多一次录取机会。
什么是国家专项计划
农村贫困地区定向招生专项计划(以下简称国家专项计划)由中央部门高校和地方“211工程”高校为主的本科一批招生学校承担，招生规模为5万名。
国家专项计划实施区域为832个贫困县(包括所有集中连片特殊困难县和国家级扶贫开发重点县，含新疆生产建设兵团在新疆南疆三地州的22个团场)，以及重点高校录取比例相对较低的河北、山西、安徽、河南、广东、广西、四川、贵州、云南、甘肃等省区。考生具有本省(区、市)实施区域当地连续3年以上户籍和当地高中连续3年学籍并实际就读、符合当年统一高考报名条件、父母或法定监护人具有当地户籍的，均可报考本省(区、市)实施区域的国家专项计划。有关省(区、市)可根据实际情况制订具体报考条件及实施办法。
专项计划一般有两种
1、报考贫困地区定向招生专项计划要求考生本人及其父或母在所在省集中连片特殊困难县或国家级扶贫开发工作重点县有常住户籍；考生本人高一至高三在贫困地区连续就读，并有贫困地区高中三年学籍。
录取方面，贫困地区专项计划招生安排在一本院校录取之前进行，原则上按招生学校所在批次录取控制分数线执行。若生源不足，可以根据缺额和生源情况，在同批次录取控制分数线下降20分。若生源还不足，根据实际再适当降分，从高分到低分投档。
2、有常住农村户籍的考生还可以报考农村学生专项计划。
录取方面，农村学生专项计划的录取工作一般安排在第二批本科院校之前进行；最低投档控制分数线原则上按二本批次分数线执行。若生源不足，可以根据缺额和生源情况，在二本批次分数线下适当降分，从高分到低分投档录取。
3、凡报考贫困地区专项计划、农村学生专项计划的考生，须在填报志愿前（具体时间查询当地考试院），持本人户籍、学籍等相关证明材料到所在县级招生办办理贫困地区专项计划报考资格确认手续。