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石河子大学是双一流大学。石河子大学是国家“211工程”重点建设高校、国家西部大开发重点建设高校和省部共建高校，是“中西部高校基础能力建设工程”和“中西部高校综合实力提升工程”（一省一校）入选高校。2017年学校入选国家“双一流”建设（一流学科）高校。
石河子大学现有经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、艺术学11大学科门类。学校有94个本科专业，8个一级学科博士学位授权点、26个一级学科硕士学位授权点、20种硕士专业学位授权类别、4个博士后科研流动站、2个博士后科研工作站。现有国家一流建设学科1个、国家重点学科1个、自治区重点学科10个。临床医学、农业科学、化学3个学科进入ESI全球前1%。有国家级一流专业建设点6个、国家级一流课程8门，省级一流专业建设点24个。
石河子大学还有国家级教学团队3个、国家级教学名师2人、国家级精品课程4门、精品视频公开课3门、精品资源共享课2门、国家级特色专业建设项目5个、实验教学示范中心1个。学校是教育部卓越（医生、工程师、农林人才）教育培养计划项目试点高校，设有6个卓越人才培养计划项目试点专业。学校还设有国家大学生文化素质教育基地、校外实践教育基地。