厦门大学设有研究生院、6个学部以及30个学院和16个研究院,形成了包括人文科学、社会科学、自然科学、工程与技术科学、管理科学、艺术科学、医学科学等学科门类在内的完备学科体系。学校现有18个学科进入 ESI全球前1% ,拥有5个一级学科国家重点学科、9个二级学科国家重点学科。学校设有32个博士后流动站;36个博士学位授权一级学科,45个硕士学位授权一级学科;8个交叉学科;1个博士专业学位学科授权类别,28个硕士专业学位学科授权类别。
厦门大学对外交流与合作深入开展,已与境外250多所高校签署了校际合作协议,与51所世界排名前200名的高校开展实质性交流合作。学校积极参与汉语国际推广工作, 已与北美洲、欧洲、 亚洲、非洲等地区的大学合作建立了15所孔子学院,并获批建设“孔子学院院长学院”。