学校前身是清朝光绪年间湖广总督张之洞1898年创办的湖北农务学堂。几经演变,1952年,武汉大学农学院和湖北农学院的全部系科以及中山大学等6所综合性大学农学院的部分系科组建成立华中农学院。1979年,经国务院批准列为全国重点大学,直属农业部。1985年,更名为华中农业大学。2000年,由农业部划转教育部直属领导。2005年,进入国家“211工程”建设行列。2017年,列入国家“双一流”建设行列。
在全国第四轮一级学科评估中,7个学科进入A类学科,其中,园艺学、畜牧学、兽医学等3个学科为A+,生物学为A,食品科学与工程、作物学、农林经济管理等3个学科为A-。据美国信息科技所《基本科学指标》数据库(ESI)2019年9月统计数据显示,我校9个学科领域进入ESI前1%,2个学科进入前1‰,分布于农学、生命科学、理学、工学、医学等5个门类。其中,进入前1%的学科(植物学与动物学,农业科学,生物学与生物化学、环境科学/生态学、微生物学、分子生物与遗传学)实现了农学、生命科学2个门类的全覆盖;进入前1‰的学科(植物学与动物学,农业科学)实现了农学门类的全覆盖。