北京工商大学于1999年6月由北京轻工业学院、北京商学院、机械工业管理干部学院合并组建而成。北京商学院前身是建于1950年的中华全国供销合作总社干部学校和建于1953年的中央商业干部学校,1958年两校合并为中央商业干部学校,1959年成立中央商学院,1960年更名为北京商学院,是新中国成立最早的商科学校,是国务院批准的全国首批硕士学位授予单位,先后隶属于商业部、国内贸易部。北京轻工业学院创建于1958年,是中国最早建立的一所轻工业高等院校,先后隶属于轻工业部、中国轻工总会。机械工业管理干部学院创建于1982年,隶属于机械工业部。
截至2020年1月, 学校有阜成路校区和良乡校区,总占地面积1230.6亩;有1个国家工程实验室、2个国家级检测中心、1个国家级实验教学示范中心、2个国家级虚拟仿真实验教学中心、1个科技部中国-加拿大联合实验室;农业科学学科进入ESI排名世界前1%。