火箭军工程大学原是一所为地面炮兵培养初级指挥干部的军事院校。1951年1月,由西北军区炮兵教导团与第一野战军野炮团合并改编为西北军区炮兵学校。1951年3月,学校更名为中国人民解放军第一炮兵学校。1956年2月,更名为中国人民解放军西安炮兵学校。1959年6月,以西安炮兵学校为依托,组建炮兵特种技术性质学校,先行培养我国战略导弹部队人才。
1963年1月,更名为中国人民解放军炮兵技术学院。1969年10月,学院转隶第二炮兵,同年12月,更名为第二炮兵技术学院。1975年8月,更名为第二炮兵学校。1978年1月,更名为第二炮兵技术学院。1986年6月,更名为第二炮兵工程学院。2011年6月,改建为第二炮兵工程大学。2016年1月,启用火箭军工程大学名称。