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主要是由于维新派自身的局限和以慈禧太后为首的强大的守旧势力的反对。领导者：资产阶级维新派势力过于弱小，而封建顽固势力十分强大。直接原因：袁世凯的背叛。
新文化运动失败的原因
在中国近代史上，新文化运动是一次意义深远的思想解放运动，对中国的发展起到了不可置疑的作用。在近代史上，中国发生了几起思想解放运动都失败了，新文化运动的失败也一样，最根本来说这些都是由资产阶级的局限性决定的。
资产阶级激进派——陈独秀、李大钊、鲁迅等人发起了新文化运动，主要是抨击封建旧文化，发扬西方科学民主的新文化，是一场新旧文化的革命斗争。他们的想法确实对当时社会观念的改变产生了很大的影响，推动了中国人的思想观念更新，为之后的革命奠定了思想基础。
但是同时新文化运动的失败不是偶然的，首先它并没有一个明确的纲领，也没有明确的组织结构，陈独秀、李大钊等人只是作为《新青年》的主编来起到一个领导的作用。同时许多知识分子都只会空谈大道理，并不能拿出任何有利于改革的有效建议。而且这场思想上的革命的范围被局限了，普通老百姓仍然不懂何为资产阶级，何为民主科学。
再说这场运动没有和群众相结合，只做思想动员，回避斗争，也没有提出明确反帝。最后对于袁世凯发起的“回归孔学”只是一味地批判，甚至全盘否定儒家文化，全盘肯定西方资产主义文化，没有正确全面地看待中国存在的问题。军阀统治时期需要的是革命而不是改革。但是同时也不可否认，新文化运动对科学自由主义甚至共产主义的传播都做出了重大的贡献。