日本属温带海洋性季风气候,长年柔和潮湿。6月多梅雨,秋冬季多强台风。全国性跨过相对高度达25°,南北平均气温差别十分明显。绝大多数地域归属于四季分明的温带气侯,坐落于南边的冲绳县则归属于亚热带,而北边的日本北海道却归属于亚寒带;2月平均温度北边-6℃,南边16℃;7月北边17℃,南边28℃。
日本境内多山,山地成脊状分布于日本的中央,将日本的国土分割为太平洋一侧和日本海一侧,山地和丘陵占总面积的71%,国土森林覆盖率高达67%。富士山是日本的最高峰,海拔3776米。富士山被日本人尊称为:圣岳。
日本的平原主要分布在河流的下游近海一带,多为冲积平原,规模较小,较大的平原有关东平原、石狩平原、越后平原、浓尾平原、十胜平原等。日本平原面积狭小,耕地十分有限,人口生理密度高达3054人/平方公里,为世界第二,仅次于埃及(3503人/平方公里)。