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蓝细菌的种类有：微囊蓝菌属、鱼腥蓝菌属、单歧蓝菌属、颤蓝菌属。蓝细菌广泛分布于自然界，包括各种水体、土壤中和部分生物体内外，甚至在岩石表面和其他恶劣环境(高温、低温、盐湖、荒漠和冰原等)中都可找到它们的踪迹，有“先锋生物”之美称。它们在岩石风化、土壤形成以及水体生态平衡中起着重要的作用。
1、微囊蓝菌属（Microcystis）。池塘、湖泊中常见的种类。细胞较小，一般为球状，多次分裂产生气泡，许多细胞密集在一起，在一个共同的胶鞘膜中，形成球形胶团，浮游水中。
2、鱼腥蓝菌属（Anabaena）。细胞球形。细菌分裂总是在相平行的面上形成链状丝，链状丝有一层或薄或厚的鞘，在链状丝中有少数细胞形和其他细胞不同。细胞壁明显加厚，称为异形胞。在水中生长，链状丝包在一个共同的胶被中，形成不定形胶块。
3、单歧蓝菌属（Tolypothrix）。相平行的分裂面分裂，形成整齐的有平行的隔腊细胞丝。异形胞长在细胞丝的的顶端，在细胞丝外面有一共同的鞘膜，鞘膜的细胞连在一起形成假分枝。
4、颤蓝菌属（Oscillatoria）。细胞丝由饼状细胞叠垒形成，不分枝，也没有假分枝，没有异形胞。在水中不断颤动，故名。