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秦朝在中央机构实行“三公九卿制”。三公为丞相、太尉和御史大夫。丞相掌政事，为“百官之长”。其职为“掌丞天子，助理万机”。在地方，由于周代的分封建藩制度，与秦朝的专制皇权和统一国家绝不相容，故秦始皇彻底废除分封制，在全国范围内全面实行郡县制度，全国地方共设四十郡，郡设郡守。
秦朝在中央设置御史大夫，作为主管监察的最高官吏。其位上卿，“银印青绶，掌副丞相”，御史大夫实即副丞相。秦朝任御史大夫者有冯动、李昙、钱产、得等。
御电大夫的属吏有两丞，秩千石。一为中丞，二是御史丞。御史丞主要是在府内协助大夫处理日常公务;中丞则在殿中掌图书秘籍，并外领监御史以督郡县，内领侍御史以受公卿奏事，举劾按章，有独立的权责。
在御史中丞之下，秦朝中央的侍御史有15员。但基本上是临时性的派遣监官，其职责因需要而定。史载，秦始皇时张苍曾为御史，即是侍御史。在地方，秦朝郡级所置之监，即是监御史。史称“秦有监御史，监诸郡”。
御史大夫的一个重要职责就是“掌讨奸猾，治大狱”(《资治通鉴》)即监察处理一些重大案件。如秦始皇三十五年之坑儒案，“使御史悉案问诸生，诸生传相告引，乃自除犯禁者四百六十余人，皆坑之咸阳，使天下知之，以惩后”。再如三十六年“有坠星下东郡，至地为石。黔首或刻其石曰，始皇帝死而地分。始皇闻之，遣御史逐问，莫服，尽取石旁居人诛之，因燔销其石”(《史记·秦始皇本纪》)。