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肽键是共价键,共价键是化学键的一种，两个或多个原子共同使用它们的外层电子，在理想情况下达到电子饱和的状态，由此组成比较稳定的化学结构，像这样由几个相邻原子通过共用电子并与共用电子之间形成的一种强烈作用叫做共价键。其本质是原子轨道重叠后，高概率地出现在两个原子核之间的电子与两个原子核之间的电性作用。
一分子氨基酸的α-氨基与另一分子氨基酸的α-羧基脱水缩合形成的共价键称为肽键( peptide bond)。两分子氨基酸缩合成为二肽，二肽仍有自由α-氨基和α-羧基，能同样通过肽键与其他氨基酸缩合成三肽，相同的反应可继续进行，依次形成四肽、五肽……通常由10个以内氨基酸连成的肽称为寡肽，更多的氨基酸可连成多肽，氨基酸相互连接，形成长链，称为多肽链。
肽键的特点为：
1. 氮原子上的孤对电子与羰基具有明显的共轭作用。
2. 肽键中的C—N键的键长比C=N键长，比相邻的C一N单键短；肽键中的C一N键具有部分双键性质，不能自由旋转。
3. 组成肽键的四个原子处于同一平面。
4. 在大多数情况下，肽键是以反式结构存在的。