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碘遇淀粉变蓝的原理是由于碘分子进入淀粉螺旋圈内，形成淀粉碘络合物的原因。当链长小于6个葡萄糖基时，则不会呈色；当链长平均长度为20个葡萄糖基时，则会呈红色；当大于60个葡萄糖基时，则呈蓝色。
碘遇淀粉变蓝的原理是淀粉与碘反应的本质是生成了一种包合物，从而使得颜色变蓝了。淀粉是一种植物多糖，是由几百到几千个葡萄糖单体脱水缩合而成。它通常由直链淀粉和支链淀粉这两个部分组成。直链淀粉可溶于热水，分子量比支链淀粉小；支链淀粉不溶于冷水，与热水作用会形成浆糊，分子量比直链淀粉大。
淀粉与碘之所以会产生呈色反应，是由于碘分子进入淀粉的螺旋圈内，形成淀粉碘络合物的原因。至于呈现出什么颜色则与淀粉糖链的长度有关。当链长小于6个葡萄糖基时，则不会呈色；当链长平均长度为20个葡萄糖基时，则会呈红色；当大于60个葡萄糖基时，则呈蓝色。碘遇淀粉变蓝的原理是淀粉与碘反应的本质是生成了一种包合物，从而使得颜色变蓝了。
淀粉跟碘生成的包合物的颜色，跟淀粉的聚合度或相对分子质量有关。在一定的聚合度或相对分子质量范围内，随聚合度或相对分子质量的增加，包合物的颜色的变化由无色、橙色、淡红、紫色到蓝色。例如，直链淀粉的聚合度是200～980或相对分子质量范围是32 000～160 000时，包合物的颜色是蓝色。分支很多的支链淀粉，在支链上的直链平均聚合度20～28，这样形成的包合物是紫色的。糊精的聚合度更低，显棕红色、红色、淡红色等。下表就是淀粉的聚合度和生成碘包合物的颜色。