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根据校友会2020年新疆维吾尔自治区最好的大学排名：
新疆大学
新疆大学，简称“新大”，位于新疆维吾尔自治区首府乌鲁木齐。截至2019年5月，学校有校本部、北校区、南校区三个校区。国家“双一流”世界一流大学建设高校、综合性全国重点大学、教育部与新疆维吾尔自治区人民政府合作共建高校、国家“211工程”重点建设高校、西部大开发重点建设高校。
院校前身是创办于1924年的新疆俄文法政专门学校。1935年1月改建为新疆学院。1960年10月1日，新疆大学正式成立。1978年，学校被国务院确定为新疆唯一的全国重点大学。1997年被列入国家首批“211工程”重点建设高校。2000年被确定为国家西部大开发重点建设高校；同年，新疆大学与原新疆工学院合并组建新的新疆大学。2004年，学校成为新疆维吾尔自治区人民政府、教育部“区部共建”高校。
石河子大学
石河子大学，简称“石大”，位于新疆石河子市，教育部和新疆生产建设兵团共建，国家“世界一流学科建设高校”、部省合作共建高校、国家“211工程”重点建设高校。
石河子大学历史渊源可追溯至1949年中国人民解放军第一野战军创建的第一兵团卫生学校。1996年经教育部批准，隶属农业部的原石河子医学院、石河子农学院、兵团师范专科学校、兵团经济专科学校合并组建石河子大学，所属划归新疆生产建设兵团。
新疆师范大学
新疆师范大学，位于新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市，温泉、昆仑、文光三个校区。
“中西部高校基础能力建设工程高校”之一，为上海合作组织大学、国家大学生文化素质教育基地、首批教育部来华留学示范基地建设高校、中国政府奖学金来华留学生接收院校，由华东师范大学和吉林大学等内地高校共同承担对口支援新疆师范大学。
新疆师范大学成立于1978年12月28日。其前身为1906年成立的乌鲁木齐市第一师范学校和1972年成立的新疆教师培训部。1993年，教育部授权该校开始招收硕士研究生，2003年，授权招收专业硕士研究生。
新疆农业大学
新疆农业大学位于乌鲁木齐市，自治区重点建设的一所农业高等院校。
国家林业局与自治区人民政府共建高校，由南京农业大学、北京林业大学、河海大学、中国农业大学、西北农林科技大学、江南大学、合肥工业大学、西南交通大学八所高校对口支援新疆农业大学。
前身为新疆八一农学院，是经毛主席和中央军委同意，由王震将军于1952年创建，是新中国成立后新疆建立的第一所本科院校。1995年4月21日经原国家教委批准，更名为新疆农业大学。
塔里木大学
塔里木大学，简称“塔大”，创办于1958年10月，当时取名叫“塔里木河农业大学”。1960年，在时任国家农垦部部长的王震的支持下，扩大办学规模，改称“塔里木农垦大学”，王震任名誉校长。1977年秋恢复高考，塔里木大学直属农业部，2003年获得硕士学位授予权，2004年5月经教育部批准，更名为“塔里木大学”，为中央和新疆生产建设兵团共建。列入国家“2011计划”、“全国深化创新创业教育改革示范高校”，是中国农业大学、北京化工大学等国家重点高校对口支援高校。