《孔子改制考》认为,孔子以前的历史都无据可考,孔子遂假托尧舜等古圣先贤的言论行事而作六经,其目的是为托古改制。康有为虚构出一个首创“改制”的孔子,实际上是用近代西方社会政治思想,把孔子打扮成托古改制的“素王”,为其变法造势,以减轻维新变法的阻力。康有为在书中以历史进化论附会公羊学说,宣称人类社会是按照“据乱世”、“升平世”和“太平世”的顺序演变的,相对应的是君主专制时代、君主立宪时代和民主共和时代,以此论证变法维新的必然性,要求因革改制。这被反对派视为“明似推崇孔教,实则自申其改制之义”的“无父无君”的叛逆行为,该书也因此险遭毁版的命运。
《新学伪经考》着重从经学方面进行论述,对传统“古文”经学猛烈抨击。康有为认为,历代封建统治者所尊崇的"古文"经典,如《周礼》、《逸礼》、《古文尚书》、《左传》、《毛诗》等都是西汉末年刘歆伪造的,因此都是"伪经"。而刘歆制造伪经的目的,是为了帮助王莽篡夺西汉的政权、建立国号为"新"的朝代,所以古文经学是新莽一朝之学,只能称之"新学"。