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强基计划不仅关注选拔阶段，还关注后续培养；而自主招生只聚焦选拔阶段，后续培养跟普通考生一致。自主招生主要选拔具有学科特长和创新潜质的学生，而强基计划主要选拔有志于服务国家重大战略需求且综合素质优秀或基础学科拔尖的学生。
一是选拔定位不同。自主招生主要选拔“具有学科特长和创新潜质的学生”，而强基计划主要选拔“有志于服务国家重大战略需求且综合素质优秀或基础学科拔尖的学生”。
二是招生专业不同。自主招生未限定高校招生专业范围；强基计划突出基础学科的支撑引领作用，重点在数学、物理、化学、生物及历史、哲学、古文字学等相关专业安排招生。
三是入围校考的依据不同。自主招生的入围依据主要是考生的申请材料；强基计划的入围依据是考生高考成绩，极少数在相关学科领域具有突出才能和表现的考生，有关高校可制定破格入围高校考核的条件和办法，并提前向社会公布。
四是录取方式不同。自主招生采取降分录取的方式，最低可降至一本线；强基计划将考生高考成绩（不低于85%）、高校综合考核结果和综合素质评价等折算成综合成绩，从高到低顺序录取，体现对学生更加全面的考查。
五是培养模式不同。相关高校对自主招生录取的学生在培养方式上未作特殊安排；强基计划录取学生将实行小班化、导师制，并探索本—硕—博衔接的培养模式，畅通学生成长发展通道，实现招生培养良性互动。