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2020年南京工程学院文科类专业学费为5200元，工科类专业的学费为5800元，艺术类专业的学费为6800元，嵌入式培养专业的学费为7800元，中外合作专业的学费为26400元（国外学费由合作方高校按当年标准收取）。
南京工程学院重点专业
| 机械类 | 机械设计制造及其自动化 | 机械工程学院 |
| 机械电子工程 | 机械工程学院 | |
| 过程装备与控制工程 | 机械工程学院 | |
| 车辆工程 | 车辆工程系 | |
| 材料类 | 材料科学与工程 | 材料工程学院 |
| 材料成型及控制工程 | 材料工程学院 | |
| 焊接技术与工程 | 材料工程学院 | |
| 能源动力类 | 能源与动力工程 | 能源与动力工程学院 |
| 环境工程 | 环境工程系 | |
| 电气类 | 电气工程及其自动化 | 电力工程学院 |
| 智能电网信息工程 | 电力工程学院 | |
| 自动化类 | 自动化 | 自动化学院 |
| 测控技术与仪器 | 自动化学院 | |
| 计算机类 | 计算机科学与技术 | 计算机工程学院 |
| 软件工程 | 计算机工程学院 | |
| 网络工程 | 计算机工程学院 |
学费数据来源：南京工程学院本科生招生章程（2020年实行）（https://gaokao.chsi.com.cn/zsgs/zhangcheng/listVerifedZszc--infoId-2730760949,method-view,schId-754.dhtml）