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首都医科大学临床医学专业学费4600/年；首都医科大学公共事业管理专业学费5000/年。首都医科大学严格按照本省（市区）物价部门核定的标准收取学费。首都医科大学本专科生助学金由学校出资设立，资助家庭经济困难的在校生。
首都医科大学各专业学费收费标准
| 大学 | 专业 | 学费（每年） | 学制 |
| 首都医科大学 | 临床医学 | 4600 | 8 |
| 首都医科大学 | 公共事业管理 | 5000 | 4 |
| 首都医科大学 | 生物医学工程 | 5500 | 4 |
| 首都医科大学 | 儿科学 | 6000 | 4 |
| 首都医科大学 | 护理学 | 6000 | 4 |
| 首都医科大学 | 康复治疗学 | 6000 | 4 |
| 首都医科大学 | 口腔医学 | 6000 | 4 |
| 首都医科大学 | 临床医学 | 6000 | 4 |
| 首都医科大学 | 听力与言语康复学 | 6000 | 4 |
| 首都医科大学 | 眼视光医学 | 6000 | 4 |
| 首都医科大学 | 药学 | 6000 | 4 |
| 首都医科大学 | 中药学 | 6000 | 4 |
| 首都医科大学 | 儿科学 | 6000 | 5 |
| 首都医科大学 | 基础医学 | 6000 | 5 |
| 首都医科大学 | 精神医学 | 6000 | 5 |
| 首都医科大学 | 口腔医学 | 6000 | 5 |
| 首都医科大学 | 临床药学 | 6000 | 5 |
| 首都医科大学 | 临床医学 | 6000 | 5 |
| 首都医科大学 | 眼视光医学 | 6000 | 5 |
| 首都医科大学 | 预防医学 | 6000 | 5 |
| 首都医科大学 | 中医学 | 6000 | 5 |
| 首都医科大学 | 儿科学 | 6000 | 8 |
| 首都医科大学 | 口腔医学 | 6000 | 8 |
| 首都医科大学 | 临床医学 | 6000 | 8 |
数据来源：《北京市招生计划》及首都医科大学官网(http://www.ccmu.edu.cn)