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军机处不能够适应时代的发展，在一定程度上制约了清朝的近代化，就被裁撤了。清朝末年，按照君主立宪原则，要设立责任内阁。设立责任内阁，就要裁撤一些部门，军机处就是要裁撤的部门之一。
裁撤军机处的原因
清朝末年，按照君主立宪原则，肯定要设立责任内阁。既然设立责任内阁，就一定要裁撤一些部门，军机处就是要裁撤的部门之一。
然而，裁撤军机处是很多皇族贵族所不愿意看到了。军机处的存在体现了权力集中于皇族手中的抄事实。如果没有军机处，只有责任内阁的话，很可能会导致君主权力的旁落。毕竟责任内阁也不是对皇帝负责，而是对议会负责的。
为了更快地推进君主立宪以拯救摇摇欲坠的大清王朝，清廷决定先易后百难，搁置争议，划出了当时争吵不止的范围，有“五不议”，即军机处不议，内务府不议，八旗事不议，翰林院不议，太监事不议。这一年是1906年。
搁置争议其实是一种大智慧。到了1911年，第一届责任内阁名单发布时，军机处被裁撤，仅仅5年时间，不再有人度认为裁撤军机处是不应该的。此时，军机处已经失去了生存的土壤。军机处和强势的皇权是相辅相成的，当皇权弱势时，这样的机构其实也是无力的。
军机处最终废除
宣统二年（1910年）九月，各省代表在资政院会议上提出要求颁布宪法、组织内阁、开设议院等要求，而且奉天的代表要求第二年就召开国会，并认为军机大臣责任不明，要求设立责任内阁。
宣统三年（1911年）五月八日，清政府在立宪派国会请愿运动的压力下，实行所谓“责任内阁制”。下令裁撤旧设内阁及军机处，成立由十三名国务大臣组成的新内阁，自此实行了180余年的军机处被废除。