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大运河的开凿，不会仅仅只是通航，在沟通水系的同时，也结合水利改造和开发，兴利除弊，保护生态，没有造成不良影响。而且在一些地区，特别是苏南地区，依托运河，形成了锦绣江南。
对生态环境影响
大运河在一千多年中，效益经久不衰，足以证明是成功的。古人在水利工程上，主张天人合一，天水合一，不逆自然规律，值得今人学习。
一方面，开凿运河必然带来沉重的徭役负担，导致阶级矛盾的激化，这也是隋朝暴政的内容之一。另一方面，运河的开通还产生了久远而积极的影响，它成为南北交通的大动脉，促进了南北经济文化的交流，对巩固统一和社会经济的发展都发挥了重要作。
开通大运河的影响
（1）大运河开通后，贯穿了河南，河北，江苏，浙江等省，连接了海河、黄河、淮河、长江和钱塘江五大水系，加强了南北联系，维护了国家统一。
（2）大运河不仅成为南北政治、经济、文化联系的纽带，也成为沟通亚洲内陆“丝绸之路”和海上“丝绸之路”的枢纽。运河的通航还促进了沿岸地区城镇和工商业发展。历朝对运河不断疏浚、改造，使它持续发挥着贯通南北动脉的作用。