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1物质循环再生原理；2物种多样性原理；3协调与平衡原理；4整体性原理；5系统学与工程学原理：系统的结构决定功能原理；整体性原理。生态工程是从系统思想出发，按照生态学、经济学和工程学的原理，运用现代科学技术成果、现代管理手段和专业技术经验组装起来的，以期获得较高的经济、社会、生态效益的现代农业工程系统。
原理
1、物质循环再生，理论基础：物质循环。意义：可避免环境污染及其对系统稳定性和发展的影响。
2、物种多样性，理论基础：生态系统的抵抗力稳定性。意义：生物多样性程度可提高系统的抵抗力稳定性，提高系统的生产力。
3、协调与平衡，理论基础：生物与环境的协调与平衡。意义：生物数量不超过环境承载力，可避免系统的失衡和破坏。
4、整体性，理论基础：社会—经济—自然复合系统。意义：统一协调各种关系，保障系统的平衡与稳定。
5、系统学与工程学，a.理论基础：系统的结构决定功能原理：分布式优于集中式和环式。意义：改善和优化系统的结构以改善功能。b.理论基础：系统整体性原理：整体大于部分。意义：保持系统很高的生产力。