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主要内容有编练“新军”、倡导商业、教育改革、改革官制、考订法律和筹蒙改制。清末新政改革内容多与光绪二十四年（1898年）的戊戌变法近似，但比戊戌变法更广更深，还涉及废除千年仕宦之道的科举制度。
主要内容
1、编练“新军”
编练“新军”是清政府新政的主要内容之一。光绪二十七年（1901年）8月29日，清政府下谕全国停止武科科举考试；9月11日命令各省仿北洋、两江筹建武备学堂；9月12日下谕全国各省“裁汰旧军，编练常备军”。编练新军的工作在全国展开。
为了在全国推行编练新军计划，清政府于光绪二十九年（1903年）12月4日设立练兵处，任庆亲王奕劻总理练兵事务，袁世凯为会办练兵大臣，铁良襄同办理。练兵处的实权为袁世凯所掌握。清政府还令各省设立督练公所，为各省领导编练“新军”的机构。
2、倡导商业
光绪二十九年（1903年）9月7日，清政府设立商部，倡导官商创办工商企业。接着，颁布了一系列工商业规章和奖励实业办法，如：《钦定大清商法》、《商会章程》、《铁路简明章程》、《奖励华商公司章程》、《矿务章程》、《公司注册章程》、《试办银行章程》等。
光绪三十二年（1906年），度支部颁布《清理财政明定办法六项》，负责统一各中央地方衙门收支、统筹外债借还、考核各省银号以及规定对各省越时造报财政之惩处。
在现代财政预算的组成上，光绪三十三年（1907年）福州道御史赵炳麟奏请中央制定全国预算。最终，清廷于宣统二年（1910年）首次编制第一次全国预算。
3、教育改革
清政府推行新政的另一个重要内容是废科举，办学堂，派留学。光绪二十七年（1901年）9月4日，清政府命令各省城书院改成大学堂，各府及直隶州改设中学堂，各县改设小学堂，并多设蒙养学堂；12月5日，颁布学堂科举奖励章程，规定学堂毕业生考试后可得进士、举人、贡生等出身。
光绪三十一年（1905年）9月2日，光绪皇帝诏准袁世凯、张之洞奏请停止科举，兴办学堂的折子，下令“立停科举以广学校”，使在中国历史上延续了1300多年的科举制度被最终废除，科举取士与学校教育实现了彻底的脱钩。12月6日，清廷下谕设立学部，为专管全国学堂事务的机构。
4、改革官制
改革官制是清政府新政的一项重要内容，其中包括“裁冗衙”、“裁吏役”、“停捐纳”，对统治机构作了一些改变。新政中，先后裁撤总理各国事务衙门、河东河道总督，裁云南、湖北两省巡抚等，改设其他机构或归其他部门监管相关职务。
光绪三十一年（1905年）7月18日，宣布停止捐纳武职。同年9月4日裁奉天府尹，由巡抚兼管；裁奉天府丞，改为东三省学政。设巡警部。设学部，裁国子监。除裁并增设行政机构外，清政府还下令“停捐纳”、“裁陋规”、“定公费”。
5、考订法律
光绪二十八年（1902年）5月13日，清廷参酌各国法律，考订中外通行法律。中国法律现代化由此起步，几经反复，直至20世纪终结，尚未完成。不过，基本架构已在晚清新政时期奠定。
光绪二十九年（1903年）起，《奖励公司章程》《商标注册试办章程》《商人通例》《公司律》《破产律》《各级审判厅试办章程》《法官考试细则》《集会结社律》等等先后出台。
影响最为深远的是三个总结性的大法：《大清刑事民事诉讼法》《大清新刑律》《民律草案》，分别在程序法和实体法领域为中国法律的现代化奠定了牢固的基础。虽因辛亥革命爆发，《民律》已不及审议颁布施行，但20世纪上半叶的民国政府无不继承这三个大法。
6、筹蒙改制
光绪三十二年（1906年）9月，在改革官制过程中，编纂官制大臣将京官编定复核，缮单进呈，后来上谕发布，宣布正式“理藩院著改为理藩部”。1907年清政府政务处大臣左绍佐、岑春煊等，奏请将热河、察哈尔、乌里雅苏台、库伦、科布多、阿尔泰等地“悉照内地改设行省”，以期加强边防。
清政府担心沙俄出面反对，在征询了各部大臣、各地将军、督抚的意见后，仅宣布废止从前关于蒙汉不得通婚的禁令，鼓励内地汉人到蒙古开荒；在蒙古增设卫生局、巡警队、学校、商品陈列所，举办所谓的“新政”。