福建中医药大学是福建省一流大学和一流学科建设高校、福建省重点建设高校、国家“卓越医生(中医)教育培养计划”改革试点高校、教育部本科教学工作水平评估优秀学校、国家级大学生创新创业训练计划项目实施学校。学校是中国内地第一所招收台湾学生的中医药院校。
学校设有13个学院(部),2个研究院;有中医学、中西医结合等2个博士学位授权一级学科,有中医学、中西医结合、临床医学、药学、中药学、护理学、医学技术等7个硕士学位授权一级学科,有中医学、中药学、药学、护理学等4个硕士专业学位类别;有中医学、中西医结合等2个博士后科研流动站。
国家级特色专业:中医学、针灸推拿学、护理学、中西医临床医学
国家中医药管理局重点学科:伤寒学、中医文献学、方剂学、中医诊断学、中医脾胃病学、中医骨伤科学、中医康复学、中医护理学、针灸学、中药化学、中西医结合临床、内经学、中医急诊学、中医养生学、推拿学、中药分析学、临床中药学、中西医结合基础、中医心理学、中医预防医学
福建省重点学科:中西医结合、护理学、康复医学、临床医学、药学、中药学、中医学
福建省特色重点学科:中西医结合、临床医学(康复医学方向)