学校办学历史可追溯至1916年的钱塘道第三联合县立师范讲习所,1958年开始高等教育,1994年开始招收本科生。1999年3月,经国家教育部批准,原湖州师范专科学校、湖州师范学校和湖州教师进修学院合并成立湖州师范学院。2000年5月,原湖州卫生学校并入湖州师范学院。2005年11月,学校以“良好”成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。学校是全国“文明单位”、全国学雷锋活动示范点,是具有培养本科和硕士专业学位研究生层次学校、国家第一批“卓越医生”和“卓越农林人才”教育培养计划项目试点高校、浙江省加强应用型建设试点本科高校。
学校涵盖教育学、工学、农学、医学、理学、文学、经济学、艺术学、法学、管理学、历史学等11大学科门类,拥有53个本科专业。
国家级特色专业建设点:数学与应用数学、小学教育、
省“十二五”优势专业建设项目:小学教育、数学与应用数学、计算机科学与技术
省级重点专业:数学与应用数学、汉语言文学、小学教育
省级重点学科:护理学、水生生物学、粒子物理与原子核物理、计算机应用技术、基础数学