皖南医学院前身是创办于1950年秋的皖南医事学校;1951年改名皖南卫生技术学校;1952年改为安徽省芜湖卫生学校;1958年10月改名为芜湖医学专科学校;1963年,安庆医专、淮南医专先后并入芜湖医专。同年,国务院将芜湖医专列为全国16所医专之一;1970年安徽省4所医学院校合并时,芜湖医专并入安徽医学院;1971年改为安徽医学院皖南分院;1974年国务院批准独立建校,成立皖南医学院。1981 年学校获得国务院学位委员会学士学位和硕士学位授予权;1998 年一次性通过教育部本科教学工作合格评价;2008 年顺利通过教育部本科教学工作水平评估并获优秀等级。
学校本科教育涵盖医、理、工、管、经、法6 个学科门类,设有26 个专业。研究生教育涉及医学、理学2 个学科门类,其中,一级学科授权点4个,专业学位授权类别5 个,二级学科授权点29 个(含一级学科覆盖点)。