国家级特色专业:医学检验
省级特色专业:临床医学、药学、医学影像学、生物科学、预防医学
安徽省重点建设学科
省级重点学科:病原生物学、外科学(骨外)、骨科、血管外科、整形外科、肺科
校级重点学科:微生物学、病理学、药理学、外科学(骨外)、内科学(呼吸)、生理学、医学寄生虫学、人体解剖学、免疫学、生物化学与分子生物学、药剂学、基础护理学、营养与食品卫生学、放射诊断学、医学伦理学、肝胆外科学、胸心外科学、胃肠外科学、心血管病学、内分泌学、康复医学、整形外科学、外科学(泌尿外科)
蚌埠医学院是国家第一批卓越医生教育培养计划试点高校、国家级大学生创新创业训练计划首批试点高校、安徽省高校综合改革首批试点单位,是暨南大学、陆军军医大学博士研究生联合培养单位和安徽省博士后岗位设置单位。学校创建于1958年7月,由原上海第二医学院分迁和安徽医学院援建而成,1968年改称蚌埠反修医学院,1970年9月,与安徽医学院合并,改名为安徽医学院蚌埠分院,1974年6月,恢复称蚌埠医学院。