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菏泽共有四所大学，分别是菏泽学院、菏泽医学专科学校、菏泽家政职业学院、菏泽职业学院。
菏泽学院
菏泽学院位于山东省菏泽市，是一所全日制普通本科高校。2004年5月，教育部正式批准菏泽学院为普通本科高校；2012年划归省直属管理，顺利通过了教育部本科教学工作合格评估；2018年顺利通过教育部本科教学工作审核评估。
学校现有4个校区，占地面积1436亩，建筑面积57.74万平方米。现有本科专业63个，涉及文学、历史学、经济学、法学、理学、工学、农学、教育学、管理学、艺术学十大学科门类。面向25个省、自治区招生，全日制本专科在校生22193人。
菏泽医学专科学校
菏泽医学专科学校是一所由山东省人民政府举办的省属公办全日制普通高等专科学校。
菏泽医学专科学校的前身是1950年经国务院批准建立的平原省卫生学校；1958年，更名为菏泽地区医学专科学校，后又历经山东省菏泽地区卫生学校、山东省菏泽地区医学专科学校、山东省菏泽地区卫生学校等办学时期；1978年经国务院批准，更名为菏泽医学专科学校。
菏泽家政职业学院
菏泽家政职业学院是我国第一所独立设置、以家政为特色的普通高等职业院校，坐落在鲁苏豫皖四省交界的单县开发区，规划占地744亩，建筑面积15.1万平方米，总资产2.16亿元。实验室100余个，实验设备2000余台，藏纸质图书23万册。
学校开设21个大专专业和12个中专学历教育、6个短期培训专业，中职、高职和本科职业教育“立交桥”基本形成。
菏泽职业学院
菏泽职业学院是于2012年12月经山东省人民政府批准、国家教育部备案的国办全日制普通高等学校。
学校先后被命名为全国退役士兵职业技能培训基地、山东省外包服务培训基地、山东省旅游产学研合作基地、山东省百佳学生资助工作单位。拥有电子商务专业群、人工智能专业群两个山东省高等职业教育品牌专业群建设项目。