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民办高校是按照民办教育促进法设立的，而独立学院是教育部行政规章设立的。独立学院一定是本科，而民办高校专本科都有。
什么是独立学院?
独立学院是由普通本科高校(申请者)与社会力量(合作者，包括企业、事业单位，社会团体或个人和其他有合作能力的机构)合作举办的进行本科层次教育的高等教育机构。
国家规定，申请者要对独立学院的教学和管理负责，并保证办学质量;合作者要负责提供独立学院办学所需的各项条件和设施，参与学院的管理、监督和领导。独立学院应具有独立法人资格，独立的校园校舍，独立进行教学和财产管理、招生和颁发毕业证书。
由于独立学院属于本科层次，所以由教育部负责审批。凡未经教育部审批的，国家均不承认其学历。教育部审批的独立学院名单都在教育部网站上予以公布，可以到教育部网页去查询。
什么是民办院校?
民办学校是指国家机构以外的社会组织或者个人，利用非国家财政性经费，面向社会依法举办的学校或其他教育机构。
独立院校和民办院校的区别
1、民办高校是按照民办教育促进法设立的，而独立学院是教育部行政规章设立的。独立学院一定是本科，而民办高校专本科都有。
2、独立学院的举办方一定是普通高校，合作方是社会力量，而民办则只有社会力量作为举办者，这是区分两者的最简单的一点。
3、民办就是有自己的校名，自己组织机构，自己的师资，自己的校园，自己独立颁发毕业证书。
4、独立学院一般设在某个大学名下。比如山西大学商务学院，海南大学三亚学院等，这些学院，可能和挂名的大学同在一个校园，也可能有师资等方面的共享和交流，而民办学院没有这方面的优势。两者都是企业法人性质，有独立的财政体系，自付盈亏，处于全部自费状态。
5、独立学院可以毕业时，如果成绩好可以推荐使用挂名院校的毕业证。这种毕业证可能也略有差别。比如北大本校毕业生领取红色的毕业证，而独立学院的北大毕业证是蓝色的。
不管报考独立学院还是民办高校都需要进行严格的考察，了解学校办学设施和教学环境；是否获得教育部办学批准；学校特色专业及往年就业率；学费是否在承受范围内等方面做深入调查。