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二本三本合并所说的只是合并了高考的录取批次，而原来的二本和三本院校及其性质是不会改变的，因此二本三本合并学费基本不会有变化。
大学的学费是根据当年的招生计划和物价局所制定好了的，不会因为改变了录取批次而有所变化，二本三本院校还是原来的院校，学校是公办还是民办的性质是不会改变的，因此即使民办的三本院校升为了二本学校，但是其性质如果还是民办的，那么在学费上就不会有变化，还是会和原来专业设置的学费一样。
并且民办院校不像公立学校那样有国家的财政支持，所以他们必须收取高额的学费来支撑学校日常的运作。民办院校的教师工资和日常开销都是靠学校的盈亏来自行解决的，这也就是为什么民办大学的学费会比公办的要高很多的原因了。因此即使二三本录取批次合并了，高考录取分数线有所调整，但是在学费上是不会出现变化的。