温州医科大学现有临床医学、基础医学、药学、生物医学工程一级学科博士点和临床医学专业学位博士点,临床医学、护理学、中药学、生物学、生物医学工程、基础医学、中西医结合、药学、医学技术、口腔医学、公共卫生与预防医学、公共管理等12个一级学科硕士点,临床医学、生物医学工程、口腔医学、护理、公共管理、药学、公共卫生、应用心理等8个专业硕士学位授权点。
学校现有27个本科招生专业,涉及医学、理学、工学、管理学等四大学科门类。有全日制在校生17155人(不含独立学院——温州医科大学仁济学院),其中博士研究生167人,硕士研究生3121人,学历教育留学生840余人。