河南中医药大学有4个国家级高等学校特色专业建设点、2个国家级“专业综合改革试点”项目、7个省高等学校特色专业建设点、7个省级高等学校“专业综合改革试点”项目、6个省高等学校实验教学示范中心、17门省级精品课程。
国家级高等学校特色专业建设点:中药学、中医学、中西医临床医学、针灸推拿学
国家级“专业综合改革试点”项目:中医学
国家中医药管理局中医药重点学科:推拿学、中医实验动物学、中医预防医学、中医脑病学、中药鉴定学、针灸学、各家学说、伤寒学、中医养生学、中医男科学、中医妇科学、中医护理学、中医全科医学、中医康复学、中医文化学、中医传染病学、中医心病学、中医肝胆病学、中医肺病学、临床中药学、中药化学、中医基础理论、中医儿科学、方剂学
河南省一级重点学科:基础医学、临床医学、中医学、中西医结合、中药学、护理学、公共管理、药学
河南省二级重点学科:思想政治教育、无机化学