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平行志愿的投档原则是志愿并列、位次优先、遵循志愿、一轮投档。首先按照考生总成绩从高到低分类排序，计算机按照顺序依次检索，按院校志愿顺序依次检索时，一旦符合投档条件即向高校投档。
填写志愿的投档原则
分数优先：首先按照考生总成绩从高到低分类（文科、理科、文体类）排序，计算机按照顺序依次检索，首先检索第一名考生的院校志愿，而后（第一名投档或者滑档）检索第二名考生院校志愿，依次类推。
注意：甲乙两人总分相同时，按照文综（理综）成绩高低区分，必须排出先后顺序，各省市具体规则有可能不同。
遵循志愿：计算机检索到某考生时按照其院校志愿顺序依次检索（ABCDE），检索到某志愿一旦符合投档条件即向高校投档。
一轮投档：考生档案一旦投出,计算机不再检索后续院校志愿，也就是说该生无论能否被录取，其他志愿高校失效，都不会再进行检索，只有一次投档一次，只有一个志愿发挥作用。
平行志愿的录取规则
平行志愿的投档原则是志愿并列、位次优先、遵循志愿、一轮投档。举例说明：
甲考626分，乙考625分。甲填报的志愿顺序为：清华大学，北京大学，四川大学；乙填报的志愿顺序为：北京大学、清华大学、四川大学。志愿投档和学校录取的过程如下：
第一步，按照成绩从高到低，系统首先检索甲的ABC三个志愿。甲的第一志愿为清华大学，但如果清华大学已经录满，系统则进入检索第二志愿北京大学，假设北京大学还有最后一个名额，甲则按B志愿被北京大学录取。
系统投档完甲后，按照顺序检索到乙的志愿。乙的第一志愿是北京大学，但由于北京大学最后一个名额录取了甲，而清华大学也已招满，系统则进入检索第三个志愿，条件符合，乙被四川大学录取。