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生物医学工程专业就业方向包括生物医学工程领域、医学仪器以及其它电子技术、计算机技术、信息产业等部门，可以从事研究、开发、教学及管理的相关工作。
生物医学工程专业学生主要学习生命科学、电子技术、计算机技术和信息科学的基本理论和基本知识，受到电子技术、信号检测与处理、计算机技术在医学中的应用的基本训练，具有生物医学工程领域中的研究和开发的基本能力。
生物医学工程专业学生就业的主要去向为研究机构，医院影像、设备、临床工程、信息中心等相关科室，医疗器械相关企业、事业单位，政府相关管理部门等。
可在管理机构和国家机关，医学机构（临床研究、高度专业化的医学护理，管理）, 在医疗器械的使用、销售和服务上，研究所，大学（基础研究，教学），国际制药、保健品企业（管理、研究和开发），私人机构和医生合作，毕业生可直接参加高度专业化的医学护理和解决临床基础研究的问题，由他们研制的器械和系统对于疾病的观察、诊断、治疗、缓解起着很重要的作用。