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三湾改编的主要内容包括党指挥枪、党建连上、官兵平等、部队缩编等。
把原有部队的一个师缩编为一个团，名字是工农革命军第1军第1师第1团，部队内部还要实行民主，官兵平等，待遇也是一样的，而且不能打骂官兵，士兵也有开会说话的自由，连以上建立士兵委员会，主要负责部队的行政和经济方面的管理，党组织还要建立在连上，设立党代表制度。
党指挥枪是人民军队建设的根本原则，而毛泽东在秋收起义部队到三湾村时，召开了前敌委会议，在会议上，对余洒渡担任师长提出了很多质疑，毛泽对此解释，以第一次国内革命的叶挺独立团为例，把党支部建立在团上，领导干部基本都是共产党员，从而党掌握了自己军队的成功经验，用来说明党建连上。
毛泽东创造性地提出了支部建立在连上的原则，这个原则的建立，开创了党指挥枪的历史性探索。
三湾改编的内容还包括在军队内实行民主主义，而且要将原工农革命军第一军第一师缩编成工农革命军第1军第1师第1团。