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北大医学部和北大虽然招生代码不一样，但是北大是包括北大医学部的，准确的来说它们是一所学校，但北大医学部从某些方面来说相对北大又是独立的。
想要知道北大医学部和北大的关系，我们可以先了解一下北大医学部的历史。北京大学医学部前身是国立北京医学专门学校，是中国政府教育部依靠自己的力量开办的第一所传授西方医学的国立学校。
在2000年4月3日，原北京医科大学与北京大学正式合并，组建新的北京大学。2000年5月4日，北京医科大学正式改名为北京大学医学部。所以，虽然北大医学部和北大所在校区不同，招生代码也不同，但是北大医学部还是属于北大的的。
北大医学部是北京大学的一个学部，是北京大学的重要组成部分之一。说的直白点，就是在毕业的时候，北大医学部的学生毕业证上写的毕业院校依然是北京大学。
北大医学部虽然是北大的学部之一，但因为在合并前有很高的知名度，包括医院实力，声望，校友资源等都达到了极高的影响力。
所以，在和北大合并的时候，底气十足，在经过各种博弈妥协后，最终以医学部的形式和本部合并，但保留了医学部行政体系的独立，这也是为什么北大医学部有独立的招生代码，可以单独划线招生。