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2025年南通大学王牌专业包括：国家级特色专业、国家级一流专业、省级一流专业。其中国家级特色专业有：预防医学专业、英语专业、临床医学专业，国家级一流专业有：汉语言文学专业、护理学专业、学前教育专业，省级一流专业有：电子科学与技术专业、英语专业、纺织工程专业。
南通大学国家级特色专业
国家级特色专业包含：预防医学、英语、临床医学等。
| 序号 | 专业名称 |
|---|---|
| 1 | 预防医学 |
| 2 | 英语 |
| 3 | 临床医学 |
| 4 | 电气工程及其自动化 |
| 5 | 汉语言文学 |
南通大学国家级一流专业
国家级一流专业包含：汉语言文学、护理学、学前教育等。
| 序号 | 专业名称 |
|---|---|
| 1 | 汉语言文学 |
| 2 | 护理学 |
| 3 | 学前教育 |
| 4 | 临床医学 |
| 5 | 应用心理学 |
| 6 | 电子信息工程 |
| 7 | 国际经济与贸易 |
| 8 | 通信工程 |
| 9 | 预防医学 |
| 10 | 医学检验技术 |
| 11 | 体育教育 |
| 12 | 电气工程及其自动化 |
| 13 | 行政管理 |
| 14 | 自动化 |
| 15 | 美术学 |
| 16 | 机械工程 |
| 17 | 非织造材料与工程 |
| 18 | 计算机科学与技术 |
| 19 | 生物科学 |
| 20 | 视觉传达设计 |
| 21 | 小学教育 |
| 22 | 交通设备与控制工程 |
南通大学省级一流专业
省级一流专业包含：电子科学与技术、英语、纺织工程等。
| 序号 | 专业名称 |
|---|---|
| 1 | 电子科学与技术 |
| 2 | 英语 |
| 3 | 纺织工程 |
| 4 | 口腔医学 |
| 5 | 药学 |
| 6 | 翻译 |
| 7 | 应用统计学 |
| 8 | 化学 |
| 9 | 医学影像学 |
| 10 | 地理信息科学 |
| 11 | 历史学 |
| 12 | 音乐学 |
| 13 | 生物技术 |
| 14 | 软件工程 |
| 15 | 测控技术与仪器 |
| 16 | 工程管理 |
| 17 | 会计学 |
| 18 | 物理学 |