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2025年皖南医学院王牌专业包括：国家级特色专业、国家级一流专业、省级一流专业。其中国家级特色专业有：法医学专业，国家级一流专业有：麻醉学专业、临床医学专业、法医学专业，省级一流专业有：应用心理学专业、药学专业、预防医学专业。
皖南医学院国家级特色专业
国家级特色专业包含：法医学等。
| 序号 | 专业名称 |
|---|---|
| 1 | 法医学 |
皖南医学院国家级一流专业
国家级一流专业包含：麻醉学、临床医学、法医学等。
| 序号 | 专业名称 |
|---|---|
| 1 | 麻醉学 |
| 2 | 临床医学 |
| 3 | 法医学 |
| 4 | 护理学 |
皖南医学院省级一流专业
省级一流专业包含：应用心理学、药学、预防医学等。
| 序号 | 专业名称 |
|---|---|
| 1 | 应用心理学 |
| 2 | 药学 |
| 3 | 预防医学 |
| 4 | 医学影像学 |
| 5 | 口腔医学 |
| 6 | 医学检验技术 |