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2025年福建医科大学王牌专业包括：国家级特色专业、国家级一流专业、省级一流专业。其中国家级特色专业有：药学专业、临床医学专业、预防医学专业，国家级一流专业有：预防医学专业、护理学专业、医学影像技术专业，省级一流专业有：生物制药专业、生物信息学专业、卫生检验与检疫专业。
福建医科大学国家级特色专业
国家级特色专业包含：药学、临床医学、预防医学等。
| 序号 | 专业名称 |
|---|---|
| 1 | 药学 |
| 2 | 临床医学 |
| 3 | 预防医学 |
| 4 | 护理学 |
福建医科大学国家级一流专业
国家级一流专业包含：预防医学、护理学、医学影像技术等。
| 序号 | 专业名称 |
|---|---|
| 1 | 预防医学 |
| 2 | 护理学 |
| 3 | 医学影像技术 |
| 4 | 临床医学 |
| 5 | 麻醉学 |
| 6 | 口腔医学 |
| 7 | 基础医学 |
| 8 | 医学检验技术 |
| 9 | 临床药学 |
| 10 | 药学 |
| 11 | 康复治疗学 |
福建医科大学省级一流专业
省级一流专业包含：生物制药、生物信息学、卫生检验与检疫等。
| 序号 | 专业名称 |
|---|---|
| 1 | 生物制药 |
| 2 | 生物信息学 |
| 3 | 卫生检验与检疫 |
| 4 | 应用心理学 |
| 5 | 社会工作 |
| 6 | 公共事业管理 |